Qualitative analysis of a microtomographic apparatus and measurement of the bone tissue density with reference to microgravity conditions

Computed Thomography is a relatively new field in the area of non destructive imaging.It allows to reconstruct the internal structure of opaque objects without destroy them. This is a great advantage compared to conventional microscopy techniques, any optical or electronic microscope, in fact, provides information on the internal structure of samples only if samples are properly processed and sectioned. Information about three-dimensional structure could be obtained by the image of a surface or a combination of several thin slices, but in both cases information cannot be certain since methods of cutting and preparation can dramatically change the structure of the sample. Microcomputed tomography, commonly referred to as µCT, like conventional computed tomography is based on the collection of projections of X rays through a specimen and the application of tomographic principles to reconstruct the 3-D structure of the specimen. Itis based on the interaction of X-rays with matter. The attenuation ofX-rays, passingthrough an object, is dependent on thedensity and atomic number of the object under investigation. This radiation is converted in a radiographic image of the object. Images obtained from different angles are analyzed by analgorithm called Filter back projection in order to reconstruct a virtual slice through the object. When different consecutive slices are reconstructed, a 3D visualizationcan be obtained. The term "micro" denotes a scanning system much higher in resolution than conventional clinical scanners. Clinical tomographic scanners may have resolutions on the order of a millimeter or less. However, high-resolution µCT scanners may have resolutions below five microns. The high resolution of this system makes it useful in the analysis of small objects such as trabecular bone samples. Trabecularbone consists of a complicated three-dimensional network of plates and rods, arranged ina lattice-like network.The architectural parameters of trabecular bone could be strongly influenced by aging or bone diseases such as osteoarthritis or osteoporosis. Until recently, information about thesestructural parameters of trabecular bone were only available by histomorphometry, adestructive procedure limited to two-dimensional analysis. Nowadays Micro-CT, because of its capability to allow three-dimensional and non destructive analysis, found largeapplications in pre-clinical bone research.The increasing incidence and prevalence of bone pathologies on the population, increases the interest of improve an accurate bone characterization by Micro-CT. Micro-CT system, object of this study is the Skyscan 1072, located at the Technology and Health Department of the Italian National Institute of Health.One of the goal of this research is set at optimizing the system for the analysis of bone samples. The first part is dedicated on determining the resolution of the system. The performance of an imaging system is usually described by the measurement of its Modulation Transfer Function or MTF whichgives a description of how much contrast at a specific spatial frequency is maintained by the imaging process.The second part of this study is focused on the process of images reconstruction, fundamental in a Micro-CT analysis. Micro-CT images are affected by several artifacts which will be widely discussed in the following chapters. One of the most difficult artifact is beam hardening. It depends on the polychromatic X-ray tube used in these systems. The X-rays beam investing the sample is composed of X-rays with a spectrum of different energies. The attenuation of an X-ray depends on its energy, the lowestX-ray energies are preferentially absorbed. Assuming that the grey level of CT images corresponds to the linear coefficientof attenuation, which is constants depending on the material, because of the beam hardening, the attenuationof a given material is not strictly proportional to its thickness. This implies visual distortions on the images and the consequent origin of quantitative problems. In order to better understand the effect of beam hardening on Micro-CT images, the filtered back projection algorithm will be implemented in LabVIEW (Version 8.2). The Skyscan 1072 allows to correct the effect of beam hardening during the process of images reconstruction by the definition of a proper parameter. In order to define the correct value of this parameter for a bone sample analysis, a comparison between the results of both the algorithm implemented and the Skyscan reconstruction software will be evaluated. After the optimization of the system for bone analysis, nineteen trabecular bone samples, extracted from femoral heads of eight patients subject to a hip arthroplasty surgery, will be analyzed. The main problem of bone analysis by micro-CT is the processing of the reconstructed cross-sections images for the sample morphometric analysis. The post-processing of the images for the morphometric characterization usually requires a process named binarization of the images which consists on the definition of a threshold value of grey-level, necessary to distinguish bone from background. The choice of this value is a crucial task since a standard method doesn’t exist. Moreover, the inhomogeneity of bone causes another problem during the binarization process. Binarization associates each pixel of the image to bone or air, not considering that each pixel can be composed by both of them. This effect is called Partial Volume Effect and it affects especially pixels at the edges of the analyzed sample. In order to avoidproblems related to the binarization, the main goal of this study is the evaluation of a new method for the histomorphometric analysis of bone sample from the direct processing of the greylevel histogram of the images. Finally, the last part of this research will be dedicated on the remodeling process of bone. The remodeling of bone is an important research topic because of its importance in the study of bone pathologies such as osteoporosis. Osteoporosis is a bone disorder characterized by an inadequate amount and faulty structure of bone, resulting in fractures from relatively minor trauma. It leads to a bone mineral density (BMD) reduction, a bone microarchitecture deterioration and an alteration of the amount and variety of proteins in bone. Aging is the main factor of osteoporosis incidence but in the last years, another factor related to long-duration spaceflight, has been considered. Because of the difficult in reproducing in-vivo space conditions, the development of numerical models is a good alternative for the remodeling process study

Qualitative analysis of a microtomographic apparatus and measurement of the bone tissue density with reference to microgravity conditions

Computed Thomography is a relatively new field in the area of non destructive imaging.It allows to reconstruct the internal structure of opaque objects without destroy them. This is a great advantage compared to conventional microscopy techniques, any optical or electronic microscope, in fact, provides information on the internal structure of samples only if samples are properly processed and sectioned. Information about three-dimensional structure could be obtained by the image of a surface or a combination of several thin slices, but in both cases information cannot be certain since methods of cutting and preparation can dramatically change the structure of the sample. Microcomputed tomography, commonly referred to as µCT, like conventional computed tomography is based on the collection of projections of X rays through a specimen and the application of tomographic principles to reconstruct the 3-D structure of the specimen. Itis based on the interaction of X-rays with matter. The attenuation ofX-rays, passingthrough an object, is dependent on thedensity and atomic number of the object under investigation. This radiation is converted in a radiographic image of the object. Images obtained from different angles are analyzed by analgorithm called Filter back projection in order to reconstruct a virtual slice through the object. When different consecutive slices are reconstructed, a 3D visualizationcan be obtained. The term "micro" denotes a scanning system much higher in resolution than conventional clinical scanners. Clinical tomographic scanners may have resolutions on the order of a millimeter or less. However, high-resolution µCT scanners may have resolutions below five microns. The high resolution of this system makes it useful in the analysis of small objects such as trabecular bone samples. Trabecularbone consists of a complicated three-dimensional network of plates and rods, arranged ina lattice-like network.The architectural parameters of trabecular bone could be strongly influenced by aging or bone diseases such as osteoarthritis or osteoporosis. Until recently, information about thesestructural parameters of trabecular bone were only available by histomorphometry, adestructive procedure limited to two-dimensional analysis. Nowadays Micro-CT, because of its capability to allow three-dimensional and non destructive analysis, found largeapplications in pre-clinical bone research.The increasing incidence and prevalence of bone pathologies on the population, increases the interest of improve an accurate bone characterization by Micro-CT. Micro-CT system, object of this study is the Skyscan 1072, located at the Technology and Health Department of the Italian National Institute of Health.One of the goal of this research is set at optimizing the system for the analysis of bone samples. The first part is dedicated on determining the resolution of the system. The performance of an imaging system is usually described by the measurement of its Modulation Transfer Function or MTF whichgives a description of how much contrast at a specific spatial frequency is maintained by the imaging process.The second part of this study is focused on the process of images reconstruction, fundamental in a Micro-CT analysis. Micro-CT images are affected by several artifacts which will be widely discussed in the following chapters. One of the most difficult artifact is beam hardening. It depends on the polychromatic X-ray tube used in these systems. The X-rays beam investing the sample is composed of X-rays with a spectrum of different energies. The attenuation of an X-ray depends on its energy, the lowestX-ray energies are preferentially absorbed. Assuming that the grey level of CT images corresponds to the linear coefficientof attenuation, which is constants depending on the material, because of the beam hardening, the attenuationof a given material is not strictly proportional to its thickness. This implies visual distortions on the images and the consequent origin of quantitative problems. In order to better understand the effect of beam hardening on Micro-CT images, the filtered back projection algorithm will be implemented in LabVIEW (Version 8.2). The Skyscan 1072 allows to correct the effect of beam hardening during the process of images reconstruction by the definition of a proper parameter. In order to define the correct value of this parameter for a bone sample analysis, a comparison between the results of both the algorithm implemented and the Skyscan reconstruction software will be evaluated. After the optimization of the system for bone analysis, nineteen trabecular bone samples, extracted from femoral heads of eight patients subject to a hip arthroplasty surgery, will be analyzed. The main problem of bone analysis by micro-CT is the processing of the reconstructed cross-sections images for the sample morphometric analysis. The post-processing of the images for the morphometric characterization usually requires a process named binarization of the images which consists on the definition of a threshold value of grey-level, necessary to distinguish bone from background. The choice of this value is a crucial task since a standard method doesn’t exist. Moreover, the inhomogeneity of bone causes another problem during the binarization process. Binarization associates each pixel of the image to bone or air, not considering that each pixel can be composed by both of them. This effect is called Partial Volume Effect and it affects especially pixels at the edges of the analyzed sample. In order to avoidproblems related to the binarization, the main goal of this study is the evaluation of a new method for the histomorphometric analysis of bone sample from the direct processing of the greylevel histogram of the images. Finally, the last part of this research will be dedicated on the remodeling process of bone. The remodeling of bone is an important research topic because of its importance in the study of bone pathologies such as osteoporosis. Osteoporosis is a bone disorder characterized by an inadequate amount and faulty structure of bone, resulting in fractures from relatively minor trauma. It leads to a bone mineral density (BMD) reduction, a bone microarchitecture deterioration and an alteration of the amount and variety of proteins in bone. Aging is the main factor of osteoporosis incidence but in the last years, another factor related to long-duration spaceflight, has been considered. Because of the difficult in reproducing in-vivo space conditions, the development of numerical models is a good alternative for the remodeling process study.La Tomografia Computerizzata è una nuova tecnica di imaging che consente la ricostruzione e l'analisi della struttura interna di oggetti opachi senza che questi vengano in alcun modo danneggiati. La possibilità di analizzare campioni senza modificarli o danneggiarli conferisce a questa nuova tecnica un grande vantaggio rispetto alle tecniche di microscopia tradizionale. I microscopi ottici ed elettronici infatti, consentono di ottenere informazioni tridimensionali sulla struttura interna dei campioni analizzati ma l'opportuna preparazione dei campioni richiesta può modificarne drammaticamente la struttura interna. La Micro Tomografia Computerizzata ha lo stesso principio di funzionamento della tradizionale Tomografia Computerizzata, una corretta analisi delle proiezioni del fascio di raggi X ottenute dall'attraversamento del campione e l'applicazione dei principi base di tomografia consentono di ottenere la struttura tridimensionale del'oggetto in esame. Attraversando la materia, il fascio di raggi X subisce un'attenuazione proporzionale alla densità e al numero atomico del materiale attraversato. La radiazione attenuata è convertita in livelli di grigio nelle corrispondenti immagini radiografiche generate. Il campione viene investito dal fascio di raggi X secondo diverse angolazioni in modo tale che il successivo processamento delle proiezioni con opportuni algoritmi permetta la corretta ricostruzione della struttura tridimensionale dell'oggetto. Il termine "micro" sta ad indicare l'elevata risoluzione del sistema microtomografico. Mentre la Tomografia tradizionale permette di raggiungere risoluzioni massime dell'ordine del millimetro, la microtomografia consente di raggiungere risoluzioni molto minori, dell'ordine dei micron. Questa caratteristica rende la microtomografia adatta all'analisi di oggetti di piccole dimensioni, quali ad esempio campioni di osso trabecolare in cui le dimensioni medie delle trabecole sono paragonabili alla risoluzione del sistema.L'elevata incidenza sulla popolazione mondiale di patologie ossee, come ad esempio l'osteoartrite o l'osteoporosi, hanno spinto molti ricercatori ad approfondire la possibilità di ottenere un'accurata caratterizzazione ossea tramite l'utilizzo della microtomografia. Il microtomografo utilizzato in questa ricerca è lo Skyscan 1072, presente presso il Dipartimento di Tecnologia e Salute dell'Istituto Superiore di Sanità. Il primo obiettivo di questa ricerca sarà uno studio approndito del microtomografo a disposizione al fine di ottimizzarne l'utilizzo per l'analisi di campioni ossei. Come prima analisi si misurerà la risoluzione dello Skyscan 1072. La valutazione delle performance di sistemi per acquisizioni di immagini può essere valutata con il calcolo della Funzione di Trasferimento della Modulazione (MTF) dello strumento. La MTF descrive in modo completo la perdita di informazione nel processo che va dall'acquisizione alla visualizzazione dell'immagine al diminuire delle dimensioni dell'oggetto indagato. Essa definisce la relazione tra la risoluzione di contrasto e la risoluzione spaziale del sistema. La seconda parte di questo studio preliminare sarà focalizzata sul processo di ricostruzione delle immagini. La ricostruzione delle immagini è uno step fondamentale nell'analisi microtomografica. E' noto che le immagini provenienti da questo tipo di analisi sono affette da artefatti di diversa origine. Uno degli artefatti più dannosi e anche più difficile da rimuovere è il beam hardening. Il fascio di radiazione X che investe il campione è solitamente un fascio policromatico ovvero composto da raggi X di diversa energia. Nell'attraversare l'oggetto, i raggi con energia maggiore sono meno attenuati rispetto ai raggi di minore energia e quindi viene rilevato un valore dell’attenuazione tanto minore quanto maggiore è lo spessore del materiale attraversato. La presenza del beam hardening causa distorsioni nelle immagini create econseguenti errori nell'analisi quantitativa delle stesse. Al fine di capire l'effetto di questo artefatto sulle immagini e correggerlo al meglio per l'analisi di campioni ossei, l'algoritmo di retroproiezione filtrata, comunemente utilizzato per la ricostruzione di immagini tomografiche, verrà implementato in LabVIEW (Version 8.2). Uno dei principali problemi dell'analisi microtomografica di campioni ossei è il post-processing delle immagini per la valutazione dei parametri istomorfometrici. I programmi generalmente utilizzati richiedono una previa binarizzazione delle immagini. La binarizzazione richiede la definizione di un valore di soglia dei livelli di grigi al fine di evidenziare gli oggetti ossei nell'immagine. La scelta di questo valore è un argomento di ricerca tutt'ora aperto e non esiste un metodo standard per la sua definizione. Il processo di binarizzazione introduce un ulteriore problema relativo alla definizione dei bordi degli oggetti nell'immagine. Binarizzare significa associare ogni pixel a osso o non-osso, non considerando che alcuni pixel, specialmente quelli relativi al bordo di un oggetto, non sono facilmente associabili a una delle due classi. Al fine di eliminare il problema della binarizzazione sopra esposto, l'obiettivo principale di questa ricerca sarà lo sviluppo di un nuovo metodo per l'analisi istomorfometrica delle ossa, basato sull'analisi diretta dell'istogramma dei livelli di grigi dell'immagine. L'ultima parte della ricerca sarà dedicata al processo di rimodellamento delle ossa. Capire come l'osso reagisce ai carichi esterni è molto importante in quanto consente di avere maggiori informazioni nello studio delle patologie ossee, quali ad esempio l' osteoporosi. L'osteoporosi è una patologia ossea caratterizzata da una perdita di massa ossea e resistenza causata da fattori nutrizionali, metabolici o patologici. Lo scheletro è soggetto ad un maggiore rischio di fratture patologiche, in seguito alla diminuzione di densità ossea e alle modificazioni della microarchitettura delle ossa. L'invecchiamento, nonostante sia il principale fattore di incidenza di questa patologia, non è l'unico. Negli ultimi anni, si è posta particolare attenzione all'elevata percentuale di insorgenza di questa malattia in soggetti che hanno partecipato a missioni spaziali di lunga durata. In condizioni di microgravità, il tessuto osseo, non essendo sollecitato da carichi esterni, va incontro ad aumento del catabolismo e perde l'1- 2% del calcio totale dopo solo qualche settimana di microgravità. Non è semplice riprodurre queste condizioni in esperimenti in-vivo, una possibile alternativa è lo sviluppo di modelli numerici per la simulazione del processo di rimodellamento osseo

A finite element analysis of altered load distribution within femoral head in osteoarthritis.

Normally, osteoclasts and osteoblasts balance bone mass in a coupled process of remodelling ruled by the stress and strain levels experimented by the tissue. In this circumstance, we used finite element analysis to investigate how the abnormal re-arrangement of trabecular bone, observed in osteoarthritis, could be connected with the weird loading conditions acting over the femoral head after its advent. To carry out our aim, we implemented a 2D (homogeneous) isotropic and linearly elastic model of the proximal half of the human femur from X-ray images. Four analyses were carried out at different degrees of severity. Stress and strain were computed and data were analysed for two regions of interests. The results show that stress and strain for the healthy femur are consistent with those in the literature, whereas in osteoarthritic hips their physiological distributions are altered and areas with very low (geodes) and/or very high (eburnation) bone density might appear

Analisi microtomografica del tessuto osseo trabecolare: influenza della soglia di binarizzazione sul calcolo dei parametri istomorfometrici

Nel presente studio sono state esaminate le immagini provenienti dalla scansione con microtomografia tridimensionale computerizzata di quattro campioni di tessuto osseo spugnoso. È stata analizzata l’influenza del valore di soglia assegnato per la binarizzazione delle immagini sui risultanti valori dei parametri istomorfometrici. Da tale analisi è stata riscontrata un’elevata dipendenza dei parametri istomorfometrici rispetto alla scelta del valore di soglia. Sono stati elaborati e analizzati gli istogrammi dei livelli di grigio estraibili dalle matrici numeriche delle porzioni significative delle immagini e sono state individuate alcune loro significative caratteristiche. Viene presentata una modellizzazione matematica dell’andamento degli istogrammi dell’area dei campioni di tessuto osseo spugnoso. Sulla base di tale modellizzazione sono stati delineati tre criteri per la determinazione dei valori di soglia basandosi sugli elementi quantitativi estraibili dall’andamento degli istogrammi stessi. Sono stati calcolati i relativi valori per i quattro campioni esaminati